公共基因数据助力课题设计

飞鸟

　　先说如何找数据
　　以结直肠癌研究为例，登陆 GCBI 使用文献检索功能，通过设置「影响因子」、「发表日期 （5 年）」、「含有样本数据的文献」和「与基因相关的文献」来检索相关文献，这样就可以快速定位目标样本数据。

　　也可以使用样本检索功能直接搜索相关疾病的样本：




　　结合每个项目的样本描述，怎么样？是不是分分钟搞定啦！因为比较关注结直肠癌肝转移，肺转移相关的相关基因，所以就锁定了这批样本（GSE4107）。
　　那么如何利用这批数据呢？
　　这么多样本难道要我先下载？GCBI 平台已经将 GEO 的数据进行了本地化，直接点击「发送样本到实验室」就可以了，完全不需要再去 GEO 数据库把这些样本一个一个下载下来。
　　接下来，就是根据这批样本的分组信息到实验室创建分析方案，（具体操作视频可至页面底部查看），一键点击执行就可以分析了。

　　分析完成后，就可以在线查看结果，按照目标基因的挑选思路挑选目标基因。
　　目标基因的基本挑选思路就是：首先寻找肝转移，肺转移，结直肠癌转移的差异基因，然后对这些差异进行功能和信号通路分析，通过信号网络找到了核心基因 PRKAC8，然后在差异结果中查到 PRKAC8 的差异倍数下调了 4.78 倍，参与的功能与通路均有与转移相关的证据。

　　再做好最后一步：收集相关的样本进行 PCR 初步验证、WB 验证。
　　如果结果都吻合的话，那么一个新的课题就设计好了：PRKAC8 在结直肠癌肝转移及肺转移中的调节机制研究。
　　来源：生物学霸

Mongol2008

:)谢谢分享！